國際生化聯合會（IUB）已經設計了一套識別系統對酶進行分類。每種酶都有一個數字分類編號、一個較長的系統命名及一個簡短的俗名。例如，催化乳糖向半乳糖和葡萄糖轉化反應的酶，其數字分類編號為EC3.2.1.23，系統命名為β-D-半乳糖苷半乳糖水解酶，俗名為乳糖酶。Halal

酶被分為以下六類：

∙ 氧化還原酶--催化氧化還原反應的一類酶，列如催化酒精轉化的酶；

∙ 轉化酶--催化基因（可視為自由基）從一個分子轉移到另一個分子∙ 的酶，如氨基轉移酶；

∙ 水解酶--催化化合物與水發生反應的酶，通常是將大分子分解為小∙ 分子，如蛋白水解酶；

∙ 裂解酶--催化生產或得到雙鍵的反應的酶，如燙的轉化；

∙ 異構酶--催化同一分子中基團轉移的酶，從而產生新的分子結構；

∙ 連接酶--催化分子連接反應的酶，從而形成大分子。

生物工程酶

隨著對DNA的識別及了解，促進了基因剪切技術的發展，進而開發出了生物工程酶。現在，隨著多種酶的培養及生產方法的開發，很多酶都已經采用基因工程的方法來生產了。有一種利用深層發酵的方法，其生產過程是將篩選的生物（細菌和霉菌）接種到一個含有液體營養物及氧的密閉容器中，使其生長。清真食品認證

隨著微生物對營養素的代謝，不斷將生產的酶釋放到容液中。營養基質通常為經過滅菌的事物，如玉米淀粉、糖、大豆面粉。此過程可以連續操作，也可以間歇操作。反應容器中的溫度、氧的消耗量以及PH值應嚴格控制，以保證酶的最佳生產條件。Halal認證

酶的回收，需要經過以下幾步。首先，用過濾或離心分離的方法除去固體物（生物質）。酶保留在濾液中，稱為發酵液。蒸發發酵液使酶濃縮。在加工成粉末、液體或顆粒之前，酶可以進一步通過離子交換進行純化。殘留的固體用石灰水處理穩定后可作為肥料使用。清真認證